广州南方学院党委下设：办公室、组织统战部、宣传部、教师工作部、学生工作部（武装部）、保卫部、党校，以及二级党组织：商学院党总支、会计学院党总支、工学院党总支、外国语学院党总支、文学与传媒学院党总支、云康医学与健康学院党总支、护理与健康学院党总支、公共管理学院党总支、设计学院党总支、艺术学院党总支、中医药健康学院党总支、马克思主义学院党总支、体育教学中心党总支、大学英语教学中心党总支、继续教育学院直属党支部、机关党总支。